OPENMENDEL：一个统计遗传学的协作编程项目
应用统计
2019-05-01 v1 基因组学
摘要
全基因组关联研究（GWAS）的统计方法持续改进。然而，遗传和基因组数据量与种类的增加使得计算速度和数据操作的便利性在未来软件中成为必需。我们认为，需要统计遗传学家协作开发面向遗传流行病学的开源软件。我们满足此需求的尝试称为OPENMENDEL项目（https://openmendel.github.io）。其旨在（1）实现具有信息性中间结果的交互式可重复分析，（2）扩展到大数据分析，（3）拥抱并行与分布式计算，（4）适应硬件快速演进，（5）允许云计算，（6）允许整合多样遗传数据类型，（7）促进临床医生、遗传学家、统计学家与计算机科学家之间的便捷交流。本文在OPENMENDEL项目背景下对遗传流行病学界进行回顾并提出建议。
引用
@article{arxiv.1902.05189,
title = {OPENMENDEL: A Cooperative Programming Project for Statistical Genetics},
author = {Hua Zhou and Janet S. Sinsheimer and Christopher A. German and Sarah S. Ji and Douglas M. Bates and Benjamin B. Chu and Kevin L. Keys and Juhyun Kim and Seyoon Ko and Gordon D. Mosher and Jeanette C. Papp and Eric M. Sobel and Jing Zhai and Jin J. Zhou and Kenneth Lange},
journal= {arXiv preprint arXiv:1902.05189},
year = {2019}
}
备注
16 pages, 2 figures, 2 tables