蛋白质L的折叠及其对去折叠态系综中塌缩的启示

Hiranmay Maity; Govardhan Reddy

doi:10.1021/jacs.5b11300

蛋白质L的折叠及其对去折叠态系综中塌缩的启示

生物大分子 2016-03-01 v1

作者: Hiranmay Maity , Govardhan Reddy

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摘要

蛋白质折叠中的一个基本问题是，从线团到球体的塌缩转变是发生在折叠的初始阶段（爆发相）还是与蛋白质折叠转变同时发生。单分子荧光共振能量转移(FRET)和小角X射线散射(SAXS)实验在蛋白质L的塌缩转变是否发生于折叠爆发相上意见相左。我们使用粗粒化模型和分子动力学模拟研究蛋白质L的折叠。发现蛋白质L中的塌缩转变与折叠转变相伴发生。在折叠爆发相中，我们发现由于应用高斯聚合物链端到端分布从FRET效率中提取 $R_g$ ，FRET实验高估了蛋白质的回转半径 $R_g$ 。FRET实验估计在盐酸胍变性剂从7.5M稀释到1M时 $R_g$ 减小 $\approx$ 6\AA，而实际减小 $\approx$ 3\AA，从而暗示爆发相中蛋白质尺寸有明显压缩。该 $\approx$ 3\AA的减小接近于SAXS实验测量的 $R_g$ 数据的统计不确定性，后者表明无压缩，导致与FRET实验不一致。蛋白质L折叠中的过渡态系综(TSE)结构呈球形且广泛，与 $\Psi$ 分析实验一致。结果支持如下假设：单结构域蛋白质的TSE取决于蛋白质拓扑，而非仅由局部相互作用稳定。

关键词

蛋白质折叠蛋白质L 塌缩转变去折叠态系综荧光共振能量转移(FRET) 小角X射线散射(SAXS) 分子动力学模拟过渡态系综

引用

@article{arxiv.1602.08889,
  title  = {Folding of Protein L with implications for collapse in the denatured state ensemble},
  author = {Hiranmay Maity and Govardhan Reddy},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1602.08889},
  year   = {2016}
}

备注

5 figures and Supplementary Information

蛋白质L的折叠及其对去折叠态系综中塌缩的启示

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