阐述过氧化谷胱甘肽蛋白与互斥转录因子活化关系的数学模型
生物大分子
2024-10-15 v1 动力系统
分子网络
定量方法
摘要
氧化应激是真核细胞所作出的多种反应信号之一,其中包括处理氧化应激的蛋白系统(如 2-Cys 过氧化谷胱甘肽-硫还原蛋白系统(PTRS)),以及针对增长、损伤控制与修复或细胞死亡等结果的转录活性变化。近期研究揭示了 PTRS 与涉及 p53 和 FOXO1 等著名转录因子的转录活性时间相位之间的关联。为探讨这些关联的潜在机制,我们实现了一个现有的 PTRS 动力学系统数学模型。我们假设剂量依赖的过氧化反应可作为超灵敏开关,通过 PTRS 对应激严重程度进行分类,并激活相应的转录反应。通过人类细胞中的 PTRS 数值仿真,我们为错位的、类似开关的过氧化谷胱甘肽(Prx)提供了原理性证明,并提出一种需要 Prx I 和 II 同时信号传递的潜在机制。随后,我们利用该模型对单个 Prx 基因敲除以及 Prx 各氧化态对氢氧化物亲和力作出可测试的预测。该研究为未来的实验工作提供了方向,并阐明了人类细胞氧化应激反应的机制。
引用
@article{arxiv.2410.10145,
title = {Examining the Link Between Peroxiredoxin Proteins and Mutually Exclusive Transcription Factor Activation With a Mathematical Model},
author = {Zachary Schlamowitz and Andrew L. Paek and Kevin K. Lin},
journal= {arXiv preprint arXiv:2410.10145},
year = {2024}
}
备注
21 pages, 8 figures, 1 table. Bachelor's Honors Thesis