溯祖模型中推断的精确极限
统计理论
2018-01-17 v2 统计理论
摘要
从分子序列数据恢复种群规模历史是群体遗传学中的一个重要问题。推断通常依赖于将种群规模历史与谱系联系起来的溯祖模型。从这些模型估计参数的高计算成本通常迫使研究者选择可用数据的子集，或依赖非充分的汇总统计量进行统计推断。我们考虑基于溯祖时间数据从两种可能选项中恢复真实种群规模历史的问题。我们给出了在多种生物学有趣情形下，作为备选规模历史之间分离度、个体数、基因座数以及采样时间的函数，选择正确选项概率的精确表达式。结果被应用于人类种群历史。该工作对当推断目标为检验关于含与不含重组的溯祖模型中种群规模轨迹的科学假设时的最优设计具有重要意义。
引用
@article{arxiv.1711.05724,
title = {Exact Limits of Inference in Coalescent Models},
author = {James E. Johndrow and Julia A. Palacios},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.05724},
year = {2018}
}