多分支共祖 coalescent 推断有效种群大小

分子序列数据的样本变异可提供有关该样本所属种群过去演化历史的信息。传统上，采用贝叶斯建模结合标准共祖模型，用于推断样本的二分支遗传谱系以及诸如有效种群大小、突变率等人口学与演化参数。然而，在许多情况下，二进制共祖模型并不准确反映真实的祖先过程。本文提出一种基于贝叶斯非参数方法的有效种群大小轨迹推断方法，适用于$\Lambda-$共祖模型下的多分支遗传谱系。具体而言，我们联合估计有效种群大小以及Beta共祖模型（即$\Lambda-$共祖模型的一种特殊类型）的模型参数。最后，我们在仿真数据上进行测试，并将其应用于研究 various 病毒动力学以及日本沙丁鱼种群大小随时间的变化。该代码及其示例可在 phylodyn 软件包中找到。