具有潜伏期的流行病的溯祖推断

溯祖模型用于根据从感染者获得的分子序列数据研究快速进化病原体的传播动态。然而，溯祖参数（如有效种群大小）对传播动力学的可解释性有限。在本研究中，我们推导了一个暴露-感染种群动力学溯祖模型，使我们能够从样本谱系推断感染者数量和随时间变化的有效再生数。该模型可以解释为一个双群体模型，其中溯祖仅限于来自不同群体（暴露和感染）的个体。我们提出了一个基于Phase-type分布的新数据增广框架，用于流行病学参数的贝叶斯推断。我们在仿真中研究了该方法的性能，并将其应用于重新分析2014年利比里亚的埃博拉疫情。