Epidemia：一个使用点过程进行传染病半机制贝叶斯建模的 R 包
统计计算
2021-10-26 v1 统计方法学
摘要
本文介绍 epidemia，一个用于传染病贝叶斯、回归导向建模的 R 包。所实现的模型对所有观测数据定义似然，同时显式建模传播动力学：这种方法常被称为半机制。感染通过更新方程随时间传播。该方法受自激发连续时间点过程（如 Hawkes 过程）启发。使用该包可执行多种推断任务。关键流行病学量，包括再生数与潜在感染，可在该框架内估计。这些模型可用于评估传播率变化的决定因素，包括控制措施的效果。流行病动力学可从拟合模型或先验模型模拟；允许先验/后验预测检验、实验与预测。
引用
@article{arxiv.2110.12461,
title = {Epidemia: An R Package for Semi-Mechanistic Bayesian Modelling of Infectious Diseases using Point Processes},
author = {James A. Scott and Axel Gandy and Swapnil Mishra and Samir Bhatt and Seth Flaxman and H. Juliette T. Unwin and Jonathan Ish-Horowicz},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.12461},
year = {2021}
}