利用复合似然法基于单基因座变异估算细菌中重组与突变的相对速率
应用统计
2015-06-03 v2 种群与进化
摘要
多项研究建议通过比较密切相关细菌分离株的 DNA 序列来估算该细菌物种的重组与突变相对速率。我们考虑了一种使用单基因座变异（即仅在单个基因座处 DNA 不同的分离株对）的方法。从此类数据推导重组与突变相对速率点估计的一种方法是使用复合似然法。我们扩展了该领域的近期工作，从而能够在无需依赖计算密集的自举程序的情况下构建估计值的置信区间，并开发了一种检验相对速率是否在不同基因座间存在差异的方法。我们的检验方法和置信区间构建方法均通过对数据中的依赖结构进行建模，然后应用关于复合似然估计量分布的渐近理论而获得。我们将这些方法应用于来自八种细菌的多基因座序列分型（MLST）数据，发现其中三种细菌（蜡样芽孢杆菌、屎肠球菌和肺炎克雷伯菌）的速率存在显著变化的有力证据。
引用
@article{arxiv.1411.1200,
title = {Estimating the relative rate of recombination to mutation in bacteria from single-locus variants using composite likelihood methods},
author = {Paul Fearnhead and Shoukai Yu and Patrick Biggs and Barbara Holland and Nigel French},
journal= {arXiv preprint arXiv:1411.1200},
year = {2015}
}
备注
Published at http://dx.doi.org/10.1214/14-AOAS795 in the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)