通过集成计算方法解析 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白 S1 亚基的蛋白运动
生物大分子
2020-04-14 v1 定量方法
摘要
新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)是一项已感染超过 百万人的重大全球公共卫生紧急事件。刺突糖蛋白中 S1 亚基的部分开放状态被认为对其感染宿主细胞至关重要,并被视为中和抗体的关键靶点。然而,阐明从闭合状态到部分开放状态转变的机制仍不清楚。在此,我们结合马尔可夫状态模型、转移路径理论与随机森林分析了 S1 的运动。我们的结果探索了受体结合域从埋藏、部分开放到脱离状态这一有前景的完整构象运动。我们还从数值上确认了这些状态间的转移概率。基于动力学行为与骨架 C 重要性的不对称性,我们进一步提出了三聚体刺突蛋白中链间的关系,这可能有助于疫苗设计与抗体中和。
引用
@article{arxiv.2004.05256,
title = {Deciphering the Protein Motion of S1 Subunit in SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Through Integrated Computational Methods},
author = {Hao Tian and Peng Tao},
journal= {arXiv preprint arXiv:2004.05256},
year = {2020}
}