基于生物分子建模靶向 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白的受体结合域与隐秘口袋
生物大分子
2020-06-12 v1
摘要
SARS-CoV-2 是被称为 Covid-19 的疾病的病原体，迄今已报告约 3,435,000 例人类感染，包括 187 个国家中超过 239,000 例死亡，目前尚无有效治疗方法。因此，有必要探索新途径以开发能够抑制病毒进入宿主细胞的药物。为此，本工作包含对来自 The Patogen Box 的 SARS-CoV-2 刺突蛋白（PDB ID: 6VSB）的潜在抑制化合物的探索。随后，它们通过虚拟筛选和分子对接技术进行过滤，从而获得前 1000 个化合物，将其用于位于受体结合域（RBD）的结合位点和位于 N 端结构域（NTD）的隐秘位点，成为阻断感染的良好药物靶点。从前 1000 个中，为结合位点选择了最佳化合物（TCMDC-124223）。它与参与识别和随后进入宿主细胞的特定残基相互作用，与对照化合物（Hesperidine 和 Emodine）相比产生更有利的结合自由能。同样，为隐秘位点选择了化合物 TCMDC-133766。这些已识别的化合物是潜在的抑制剂，可用于开发允许对该疾病进行有效治疗的新型药物。
引用
@article{arxiv.2006.06452,
title = {Targeting Receptor Binding Domain and Cryptic Pocket of Spike glycoprotein from SARS-CoV-2 by biomolecular modeling},
author = {Kewin Otazu and Manuel E. Chenet-Zuta and Georcki Ropon-Palacios and Gustavo E. Olivos-Ramirez and Gabriel M. Jimenez-Avalos and Cleidy Osorio-Mogollon and Frida Sosa-Amay and Rosa Vargas-Rodriguez and Tania P. Nina-Larico and Riccardo Concu and Ihosvany Camps},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.06452},
year = {2020}
}