mRNA翻译和蛋白合成中的聚簇瓶颈
统计力学
2009-11-10 v1 软凝聚态物质
亚细胞过程
摘要
我们构建了一个生成完全非对称排斥过程（TASEP）具有局部跳跃速率不均匀性的大型带对角线转换矩阵的算法。这些矩阵通过数值对角化来寻找具有局部跳跃速率变化的 TASEP 的稳态电流。随后用于研究沿 mRNA 上慢密码子的聚簇化。近邻慢密码子聚簇的核糖体密度分布相互作用，增强了当此类瓶颈紧密排列时对核糖体通过率的抑制。超过约 的慢密码子聚簇大小并不显著降低核糖体电流。我们的结果通过大规模蒙特卡罗模拟得到验证，并为实验观察到的低使用频率密码子聚簇化提供了生物学上的解释。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0310682,
title = {Clustered bottlenecks in mRNA translation and protein synthesis},
author = {Tom Chou and Greg Lakatos},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0310682},
year = {2009}
}