完全不对称简单排他过程中的链衰减与速率无序
统计力学
2023-10-03 v1
摘要
我们在理论上研究了具有淬灭跳跃速率无序和有限寿命链的完全不对称简单排他过程（TASEP）。TASEP 被广泛用于建模蛋白质合成中核糖体对信使 RNA 的翻译。由于对生物学相关系统参数，TASEP 模型的精确解在解析和計算上均难以处理，求解耦合非线性微分方程的典型平均场（MF）方法在相关生物数据分析的规模上计算代价也高昂。本文中，我们提供了一种通过计算高效的非线性代数方程组计算 MF 稳态解的替代方法。我们进一步勾勒了通过小尺寸 TASEP 系统精确解逐步纳入关联的框架。在生物学相关的入口速率限制区中的首阶近似，对广泛系统参数空间与完整蒙特卡洛模拟结果表现出显著一致。这些结果对 Ribo-Seq 数据分析中的动力学速率推断及其他相关问题可能具有重要意义。
引用
@article{arxiv.2310.00329,
title = {Chain decay and rates disorder in the totally asymmetric simple exclusion process},
author = {Yahaya Ibrahim and Jérôme Dorignac and Fred Geniet and Carole Chevalier and Jean-Charles Walter and Nils-Ole Walliser and Andrea Pameggiani and John Palmeri},
journal= {arXiv preprint arXiv:2310.00329},
year = {2023}
}
备注
7 pages, 10 figures