RNA二级结构网络的渐近连通性
生物大分子
2016-10-31 v1
摘要
给定一个 RNA 序列 a，考虑网络 G = (V;E)，其中节点集 V 由 a 的所有二级结构组成，边集 E 由所有连接碱基对距离为 1 的两个二级结构的边组成。定义网络连通性，或期望网络度，为与 G 的顶点关联的边的平均数量。利用代数组合方法，我们证明了长度为 n 的同聚物序列的渐近连通性为 0:473418 ? n。这提出了何种其他网络性质是 RNA 二级结构网络的特征这一问题。Python、C 和 Mathematica 编写的程序可在网站 http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/ RNAexpNumNbors 获取。
引用
@article{arxiv.1508.03815,
title = {Asymptotic connectivity for the network of RNA secondary structures},
author = {Peter Clote},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.03815},
year = {2016}
}
备注
11 pages, 3 figures