基于螺旋和环的RNA二级结构精确计数
组合数学
2024-07-10 v1
摘要
RNA 二级结构的计数研究始于四十年前，由 Waterman 及其同事发起。此后，研究者们根据许多不同的结构特征对 RNA 二级结构进行了探索，例如 Hofacker、Schuster 和 Stadler 研究的螺旋、组件和环，Nebel 研究的阶，Clote 研究的饱和结构，Clote、Ponty 和 Steyaert 研究的 5'-3' 端距离，以及 Li 和 Reidys 研究的彩虹谱。然而，大部分贡献是渐近结果，推导显式公式更为困难。在本文中，我们获得了计数具有给定螺旋数以及给定螺旋和环联合大小分布的 RNA 二级结构的精确公式，而 Hofacker、Schuster 和 Stadler 的一些相关渐近结果已知已有约二十年。我们的方法是组合性的，分析了第一作者最近发现的 RNA 二级结构与平面树之间的双射，并提出了 Chen 的通过简单树森林计数树的双射方法的一个变体。
引用
@article{arxiv.2407.06220,
title = {Exact enumeration of RNA secondary structures by helices and loops},
author = {Ricky X. F. Chen and Christian M. Reidys and Michael S. Waterman},
journal= {arXiv preprint arXiv:2407.06220},
year = {2024}
}
备注
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