DNA 基因组序列的阿贝尔有限群
定量方法
2007-05-23 v1 基因组学
摘要
近来已提出遗传密码及长度为 N 的 DNA 序列的 Z_64 代数。为克服该结构的局限（如无法分析基因组中的非编码区、无法分析插入与缺失（indel 突变）），我们构建了 DNA 扩展碱基三联体 X_1X_2X_3 上的循环群结构，其中 X_i 属于 {O, A, C, G, U}，字母 O 表示密码子中的碱基缺失（删除）。所得群同构于整数模 125 的阿贝尔 5-群 Z_125。进而，在长度为 N 的 DNA 比对序列集合上定义阿贝尔有限群 S。群 S 可表示为同循环群的直接和：2-群与 5-群。特别地，无 indel 突变的 DNA 子序列可视为由同循环 2-群（于前述 Z_64 代数中描述）表示的基因构建块。而那些受 indel 突变影响的 DNA 子序列则借助同循环 5-群描述。该表示建议通过可识别它的正则文法来辨识基因组块结构。此外，这一新结构允许我们通过 S 上的自同构群对基因及同功能基因组区域所遵循的突变路径进行一般分析。
引用
@article{arxiv.q-bio/0512042,
title = {Abelian Finite Group of DNA Genomic Sequences},
author = {Robersy Sanchez and Jesus Barreto and Eberto Morgado and Ricardo Grau},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0512042},
year = {2007}
}
备注
6 pages 1 figure. This paper was presented in the "IX Congreso Nacional de Matematica y Computacion", of the La Sociedad Cubana de Matematica y Computacion