一种系统发育方法解开基因座间基因转换的片段长度与起始速率

基因座间基因转换（IGC）使旁系同源基因均质化。关于导致IGC的突变事件知之甚少，而对经历固定的IGC突变则了解更少。为了解开固定IGC突变的速率与这些固定突变的片段长度，我们采用了一种复合似然方法。我们通过模拟来表征该方法。我们将该方法应用于重复的灵长类内含子以及来自酵母和灵长类的蛋白质编码旁系同源基因。我们从蛋白质编码数据中得到的关于固定IGC片段平均长度的估计值出乎意料地低，并且伴随着高度的不确定性。相比之下，我们从灵长类内含子数据中得到的估计值，其长度处于IGC突变研究所预期的一般范围内。虽然将固定IGC突变的起始速率与这些IGC事件影响的平均核苷酸位置数分开具有挑战性，但我们所有的分析都表明，IGC在重复区域的进化变化中占据了相当大的比例。我们的结果表明，在研究多基因家族的进化时，应始终考虑IGC。