结合系统发育与协同进化改进旁系同源蛋白间互作伴侣的推断

从序列预测蛋白质-蛋白质相互作用是计算生物学的一个重要目标。为此可利用多种信息来源。从两个相互作用的蛋白质家族的序列出发，可利用系统发育或残基协同进化来推断在每个物种中哪些旁系同源物是特定的互作伴侣。我们表明这两种信号可结合以改进旁系同源物间互作伴侣推断的性能。为此，我们首先通过模拟退火对齐两个家族的序列相似性图，产生一个稳健的部分配对。接下来我们使用该部分配对来播种一个基于协同进化的迭代配对算法。该组合方法相对于任一单独方法均提升了性能。在平均每个物种旁系同源物数量大或序列总数较少的困难情形下，所获得的改进尤为显著。