广义隔离-迁移模型：面向多位点数据集的最大似然实现
种群与进化
2016-02-05 v1 应用统计
摘要
关于物种形成过程的统计推断通常基于隔离-迁移（IM）模型，特别是当研究目的是了解分化过程中是否存在基因流时。本文引入的广义IM模型扩展了标准的两种群IM模型以及隔离-初始迁移（IIM）模型，并将这两种模型作为特例涵盖在内。它可被描述为两群体IM模型，其中迁移率和群体大小允许在过去某个时刻发生变化。通过开发该GIM模型的最大似然实现，我们能够对两个近缘物种间历史和当代的基因流速率进行推断。我们的方法依赖于谱系生成矩阵的谱分解，适用于由大量独立基因座上每一对DNA序列之间的核苷酸差异数目所组成的数据集。
引用
@article{arxiv.1602.01672,
title = {The Generalised Isolation-With-Migration Model: a Maximum-Likelihood Implementation for Multilocus Data Sets},
author = {Rui J. Costa and Hilde Wilkinson-Herbots},
journal= {arXiv preprint arXiv:1602.01672},
year = {2016}
}
备注
Code in R to fit the GIM model is currently under development