针对潜在不对称基因流的隔离-初始迁移模型的高效最大似然推断
种群与进化
2016-01-15 v1 定量方法
应用统计
摘要
隔离-迁移（IM）模型是利用多态数据推断物种形成过程中是否存在基因流的常用工具。然而，Becquet 和 Przeworski（2009）报道，拟合 IM 模型得到的参数估计对该模型的假设非常敏感，包括直至现今基因流恒定的假设。本文关注 Wilkinson-Herbots（2012）的隔离-初始迁移（IIM）模型，该模型恰好放弃了这一假设。在 IIM 模型中，一个祖先种群分裂为两个后代亚种群，它们之间有一段初始基因流时期和随后的隔离时期。我们推导了一种拟合 IIM 模型扩展版本（允许不对称基因流和不等亚种群大小）的快速方法。这是一种最大似然方法，适用于来自大量独立基因座的成对 DNA 序列之间不同位点数的观测。除了获得参数估计外，我们的方法还可用于通过似然比检验区分代表不同进化情景的备选模型。我们在约 30,000 个基因座的果蝇序列对上说明了该过程。将最复杂版本的模型拟合到该数据集所需的计算时间仅为几分钟。拟合 IIM 模型的代码可在本文的补充文件中找到。
引用
@article{arxiv.1601.03684,
title = {Efficient Maximum-Likelihood Inference For The Isolation-With-Initial-Migration Model With Potentially Asymmetric Gene Flow},
author = {Rui J. Costa and Hilde Wilkinson-Herbots},
journal= {arXiv preprint arXiv:1601.03684},
year = {2016}
}
备注
Computer code in R included in the ancillary files