一种在二次接触模型中扫描基因组渐渗的新方法
种群与进化
2017-02-08 v3
摘要
分化种群或初始物种之间的二次接触可能导致基因组物质的交换和渐渗。我们开发了一种简单的DNA序列度量，称为Gmin，旨在识别二次接触模型中经历渐渗的基因组区域。Gmin定义为最小种群间核苷酸差异数与平均种群间差异数的比值。Gmin的一个优点是相对于基于模型的基因流检测方法，其计算成本低廉，并且易于扩展到全基因组分析水平。我们将Gmin的敏感性和特异性与广泛使用的种群分化指数Fst进行比较，并建议一个简单的统计检验来识别基因组异常值。广泛的计算机模拟表明，Gmin在检测近期渐渗方面比Fst具有更高的敏感性和特异性。此外，我们发现Gmin的敏感性对种群突变率和重组率都具有稳健性。最后，对黑腹果蝇X染色体的Gmin扫描识别出先前被其他方法遗漏的撒哈拉以南非洲和世界性种群之间的渐渗候选区域。这些结果表明，Gmin是Fst以及计算密集型的基于模型的基因流检测方法的一个生物学上直接但强大的替代方案。
引用
@article{arxiv.1403.1552,
title = {A new method to scan genomes for introgression in a secondary contact model},
author = {Anthony J. Geneva and Sarah B. Kingan and Daniel Garrigan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1403.1552},
year = {2017}
}
备注
34 pages, 4 figures, 1 table (10 supplementary figures, 4 supplementary tables)