离散状态空间化学反应网络中灭绝事件的计算方法
最优化与控制
2017-01-11 v2 动力系统
摘要
M.D. Johnston 等人近期的研究给出了化学反应网络结构的充分条件，以保证相应的离散状态空间系统出现灭绝事件。这些条件由一系列作用于称为支配扩展反应网络的修正反应网络边上的等式和不等式系统组成。本文中，我们提出了用 Python 编写的这些条件的计算实现，并将程序应用于生物化学文献中的实例，包括哺乳动物多胺代谢模型和布氏锥虫磷酸戊糖途径模型。我们还对欧洲生物信息学研究所 BioModels 数据库中的 458 个模型运行了该程序并报告了结果。
引用
@article{arxiv.1701.02014,
title = {A Computational Approach to Extinction Events in Chemical Reaction Networks with Discrete State Spaces},
author = {Matthew D. Johnston},
journal= {arXiv preprint arXiv:1701.02014},
year = {2017}
}
备注
27 pages