金黄色葡萄球菌的全基因组单核苷酸多态性基因分型
基因组学
2018-11-01 v1
摘要
下一代测序技术使得针对临床诊断与遗传研究的细菌病原体常规检测成为可能。全基因组测序在细菌病原体的流行病学分析中具有重要意义。然而，可用于实际应用的基于全基因组测序的基因分型流程很少。在此，我们提出基于全基因组测序的单核苷酸多态性（SNP）基因分型方法，并应用于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的进化分析。该 SNP 基因分型方法利用全基因组的下一代测序读段调用基因组变异，并计算基因组变异的两两 Jaccard 距离。该方法可揭示不同耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌（MSSA）菌株分离株的高分辨率全基因组 SNP 谱与结构变异。全基因组及特定区域的系统发育分析可监测并追踪细菌病原体的进化与传播动态。基于全基因组测序的 SNP 基因分型方法的计算机程序已在 https://github.com/cyinbox/NGS 公开。
引用
@article{arxiv.1810.13027,
title = {Whole genome single nucleotide polymorphism genotyping of Staphylococcus aureus},
author = {Changchuan Yin and Stephen S. -T. Yau},
journal= {arXiv preprint arXiv:1810.13027},
year = {2018}
}
备注
6 figures, 2 tables