Wheeler映射

受泛基因组读段比对中挑战的启发，我们提出Wheeler图的推广，称之为Wheeler映射。Wheeler映射存储文本$T[1..n]$以及对$T$中字符的标签分配，使得我们可以预处理模式$P[1..m]$，然后在给定$i$和$j$时快速返回标注$P[i..j]$在$T$中出现的首字符的所有不同标签。对于我们最感兴趣的应用，具有长公共上下文的字符可能有相同标签，因此我们考虑按字符在$T$的Burrows-Wheeler变换（BWT）中的位置排序的标签列表中游程数$t$。我们展示，给定$T$的含$g$条规则的直线程序，可构建占用$O(g + r + t)$空间的Wheeler映射，其中$r$为$T$的BWT中游程数；利用该映射，我们可在$O(m \log n)$时间内预处理模式$P[1..m]$，并对任意给定$i$和$j$以最优$O(k)$时间返回$P[i..j]$的$k$个不同标签。我们展示了关于优先处理最频繁标签的各种进一步结果。