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Wheeler 图的 $r$-索引

数据结构与算法 2021-02-01 v1

摘要

GG 为一个 Wheeler 图,rrGG 的 Burrows-Wheeler 变换中游程(run)的数目,并设 GG 可分解为 υ\upsilon 条边不交的有向路径,其内点入度与出度均恰为 1。我们展示如何将 GGO(r+υ)O (r + \upsilon) 空间存储,使得随后给定模式 PP 时,可在 O(PloglogG)O (|P| \log \log |G|) 时间内统计由标号为 PP 的有向路径可达的 GG 的顶点数,并以每顶点 O(loglogG)O (\log \log |G|) 时间报告这些顶点。

关键词

引用

@article{arxiv.2101.12341,
  title  = {$r$-indexing Wheeler graphs},
  author = {Travis Gagie},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2101.12341},
  year   = {2021}
}