变异图索引
数据结构与算法
2017-01-13 v4
摘要
代表群体内遗传变异的变异图正取代序列作为参考基因组。路径索引是使用变异图最重要的工具之一。它们将文本索引推广到图，允许人们找到匹配查询字符串的路径。我们提出使用de Bruijn图作为路径索引，通过合并冗余子图来压缩它们，并使用Burrows-Wheeler变换编码。由此产生的快速、空间高效且多功能的索引用于变异图工具包vg中。
引用
@article{arxiv.1604.06605,
title = {Indexing Variation Graphs},
author = {Jouni Sirén},
journal= {arXiv preprint arXiv:1604.06605},
year = {2017}
}
备注
Proc. ALENEX 2017. The implementation is available at https://github.com/jltsiren/gcsa2