艾伦基因表达图谱告诉我们关于小鼠大脑进化的什么信息？
定量方法
2012-06-05 v1 基因组学
神经元与认知
种群与进化
摘要
我们利用艾伦基因表达图谱(AGEA)和OMA直系同源数据集，从脑特异性基因分子进化的角度研究小鼠大脑神经解剖学的进化。对于每个此类基因，利用所有已完全测序物种的系统发育树以及该基因在这些物种中直系同源的存在，我们构建并分配一个进化年龄的离散度量。所有相似年龄基因的表达谱(相对于平均基因表达谱)区分了在相应进化时间尺度上过度代表的大脑区域。我们认为，从这种分子水平分析中得出的关于十二个主要大脑区域进化的结论补充了小鼠大脑进化的现有知识，并引入了新的定量工具，特别是当其他物种的AGEA类数据集可用时用于比较研究。利用代表特定进化时间尺度和大脑区域的基因的功能角色，我们尽可能地将我们的观察与进化神经解剖学的现有知识进行比较和对比。
引用
@article{arxiv.1206.0324,
title = {What does the Allen Gene Expression Atlas tell us about mouse brain evolution?},
author = {Swagatam Mukhopadhyay and Pascal Grange and Anirvan M. Sengupta and Partha P. Mitra},
journal= {arXiv preprint arXiv:1206.0324},
year = {2012}
}
备注
14 pages