脑基因表达分析：用于全脑基因表达数据分析的MATLAB工具箱
神经元与认知
2017-09-06 v6 基因组学
定量方法
摘要
艾伦脑图谱项目(ABA)利用原位杂交技术生成了基因组规模的基因表达谱。这些谱图被共同配准到成年小鼠脑的三维艾伦参考图谱(ARA)上。全脑有超过4000个这样的体积数据可用，分辨率为200微米。这些数据以体素×基因矩阵的形式呈现。ARA带有多种注释系统，包括层次性的（全脑40个皮层区域，209个皮层下区域）或非层次性的（左半球12个区域，细分为94个区域，以及皮层分层）。该数据集的高维性质以及解剖与基因表达之间可能的联系给数据分析带来了挑战。我们开发了脑基因表达分析工具箱，其功能包括：脑区标记基因的确定、全脑共表达模式的统计分析，以及利用细胞类型特异性微阵列数据计算全脑相关图。
引用
@article{arxiv.1211.6177,
title = {Brain Gene Expression Analysis: a MATLAB toolbox for the analysis of brain-wide gene-expression data},
author = {Pascal Grange and Jason W. Bohland and Michael Hawrylycz and Partha P. Mitra},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.6177},
year = {2017}
}
备注
59 pages; v2: bug fixed on page 5, preface added; v3: more bugs fixed, cell-type-specific data released (chapter 5); v4: references added, chapter 2 expanded; v5: download link fixed, more typos corrected; v6: download link fixed