利用层级结构种群间的单倍型分化检测选择信号
种群与进化
2013-01-24 v1 定量方法
应用统计
摘要
检测选择的分子信号是现代群体遗传学的主要关注点之一。在此背景下广泛使用的策略是比较来自多个种群的样本，并寻找这些种群间具有突出遗传分化的基因组区域。遗传分化通常基于种群间的等位基因频率差异，并通过 Fst 或相关统计量进行测量。在此，我们引入了一种新的统计量，记为 hapFLK，其专注于种群间单倍型频率的差异。与大多数现有统计量不同，hapFLK 考虑了采样种群的层级结构。通过计算机模拟，我们展示了这两个特征——即使用单倍型信息和种群的层级结构——均能显著提高所选位点的检测效力，而将它们结合在 hapFLK 统计量中则提供了更大的效力。我们还表明，hapFLK 对瓶颈效应和迁移具有鲁棒性，并在许多情况下优于现有方法。最后，我们将 hapFLK 应用于一组来自北欧的六个绵羊品种，识别出七个受选择区域，其中包括已报道的区域以及几个新区域。我们提出了一种方法来帮助识别检测区域内受选择的种群，结果显示在许多这些区域中，选择最可能发生在不止一个种群中。此外，几个检测到的区域对应于不完全清除，其中有利的单倍型在受选择种群中仅处于中等频率。
引用
@article{arxiv.1210.7583,
title = {Using haplotype differentiation among hierarchically structured populations for the detection of selection signatures},
author = {Marìa Inès Fariello and Simon Boitard and Hugo Naya and Magali SanCristobal and Bertrand Servin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1210.7583},
year = {2013}
}