蛋白质折叠时间的普适类
统计力学
2009-11-07 v1 软凝聚态物质
生物大分子
摘要
简化模型中的分子动力学模拟使得人们能够在受控设置下研究多种蛋白质折叠时间的标度性质。我们考虑了具有不同接触势的三种 Go 模型变体，并展示了由幂律描述的标度关系，且其与相对接触序参数无相关性。我们证明了至少存在三种动力学普适类，它们与结构类型相关：alpha-、alpha--beta- 和 beta- 蛋白质的标度指数分别约为 1.7、2.5 和 3.2。当接触范围在“合理”值处被截断时，这三类合并为一类。我们阐明了与蛋白质手性相关的势的作用。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0207510,
title = {Universality classes in folding times of proteins},
author = {Marek Cieplak and Trinh Xuan Hoang},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0207510},
year = {2009}
}
备注
22 pages, 21 figures, to appear in Biophys J