附加任意短程相互作用的 Wako-Saitô-Muñoz-Eaton 模型的转移矩阵解
介观与纳米尺度物理
2010-09-08 v3 软凝聚态物质
生物物理
生物大分子
摘要
Wako-Saitô-Muñoz-Eaton (WSME) 模型最初被引入蛋白质折叠理论中，也被用于 RNA 折叠和某些外延现象的建模。该模型的优势在于它在一般非均匀情况下存在精确解 (Bruscolini 和 Pelizzola, 2002)，这促进了对真实系统的研究。然而，该模型的缺点是它仅考虑了天然键或原子链连续片段内的相互作用，而忽略了片段间（链间）相互作用。但由于生物聚合物（原子链）的柔性，沿序列被若干非天然键隔开的单体（原子）可以变得非常接近。这产生了它们之间的强相互作用。将非 WSME 相互作用纳入模型使模型更真实并提高了其性能。在本研究中，我们加入了有限范围的任意相互作用，并通过转移矩阵技术求解了新模型。因此，我们可以精确考虑在蛋白质组学中被归类为中等和适度长程的相互作用。
引用
@article{arxiv.1004.0965,
title = {Transfer matrix solution of the Wako-Sait\^o-Mu\~noz-Eaton model augmented by arbitrary short range interactions},
author = {V. I. Tokar and H. Dreyssé},
journal= {arXiv preprint arXiv:1004.0965},
year = {2010}
}
备注
15 pages, 2 figures