三种树先验与五个数据集：印欧语系系统发育学中树先验影响的研究
计算与语言
2018-05-11 v1
摘要
自Gray和Atkinson（2003）应用贝叶斯系统发育方法以来，印欧语系的_root_年龄受到了广泛关注。随着新模型的应用（Chang等，2015），印欧语系的根年龄往往从支持安纳托利亚起源假说的年龄下降到支持草原起源假说的年龄。然而，已发表的印欧语系系统发育学工作均未研究树先验对该语系系统发育分析的影响。在本文中，我旨在通过探究树先验对印欧语系系统发育推断各方面的影响来填补这一空白。我将三种树先验——均匀（Uniform）、化石出生—死亡（FBD）和合并（Coalescent）——应用于五个公开可用的印欧语系数据集。我使用贝叶斯因子评估贝叶斯分析所得树的 posterior 分布，发现对于两种树先验存在支持草原起源假说的证据。我报告了所有三种树先验下根年龄的中位数和95%最高后验密度（HPD）区间。模型比较表明，对于属于印欧语系的数据集，均匀先验或FBD先验比合并先验更合适。
引用
@article{arxiv.1805.03645,
title = {Three tree priors and five datasets: A study of the effect of tree priors in Indo-European phylogenetics},
author = {Taraka Rama},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.03645},
year = {2018}
}