化石化的出生 - 死亡过程：一种用于分歧时间估算的化石校准连贯模型

经过时间校准的物种系统发育树对于解决进化生物学中的广泛问题至关重要，例如阐明历史生物地理学或揭示共同进化和多样化模式的问题。由于分子序列数据不提供绝对时间信息，因此需要外部数据（最常见的是化石年龄估计）来校准物种分歧日期的估算。对于贝叶斯分歧时间方法，利用化石信息进行校准的常见做法是在内部节点上放置任意选择的参数分布，这往往忽略了化石记录中的大部分信息。我们引入了“化石化出生 - 死亡”(FBD) 过程，这是一种在贝叶斯框架下校准分歧时间估算的模型，明确承认现生物种和化石是同一宏观进化过程的一部分。在该模型下，绝对节点年龄估算由单一的多样化模型进行校准，无需任意的校准密度。此外，FBD 模型允许包含所有可用的化石。我们对模拟数据进行了分析，结果表明，在 FBD 模型下的节点年龄估算能够产生稳健且准确的物种分歧时间估计，并具有现实的统计不确定性度量，从而克服了标准分歧时间估算方法的主要局限性。随后，我们利用该模型估算了一个由所有现存熊类组成的数据集的物种形成时间，表明熊属 (Ursus) 是在晚中新世至中新世中期发生多样化的。