用于宽松系统发育与分歧时间估计的校准树先验
种群与进化
2011-03-31 v1
摘要
利用化石证据校准分歧时间估计有着悠久的历史。近年来，贝叶斯 MCMC 已成为分歧时间估计的主导方法，化石证据也被重新解释为在校准节点分歧时间上先验分布的设定。这些所谓的“软校准”已被广泛使用，但在贝叶斯框架下校准树先验的统计性质尚未得到仔细研究。在此我们阐明，校准密度（例如在 BEAST 1.5 中定义的那些）并不代表校准节点的边际先验分布。我们通过对小树的若干解析结果对此进行了说明。我们还描述了树上校准 Yule 先验的一种替代构造，该构造允许直接指定校准分歧时间的边际先验分布，无论是否受单系性限制。该方法需要计算以被校准的分歧高度为条件的 Yule 先验。遗憾的是，针对多重校准的实用解决方案仍难以实现。我们的结果表明，直接估计由指定多重校准密度所诱导的先验，应成为任何分歧时间定年分析的先决条件。
引用
@article{arxiv.1103.5780,
title = {Calibrated Tree Priors for Relaxed Phylogenetics and Divergence Time Estimation},
author = {Heled Joseph and Alexei Drummond},
journal= {arXiv preprint arXiv:1103.5780},
year = {2011}
}