蛋白质中性度的热力学预测
生物大分子
2009-11-10 v2 种群与进化
摘要
我们提出了一个简单的理论，利用热力学参数来预测蛋白质在一次或多次随机氨基酸替换后保留野生型结构的概率。我们的理论预测，对于大量替换，蛋白质保留其结构的概率将随替换次数呈指数下降，下降的严重程度由结构的性质决定。我们的理论还预测，蛋白质可以通过增加其热力学稳定性来获得对最初几次替换的额外稳健性。我们通过格点蛋白质模型的模拟验证了我们的理论，并表明它能定量预测先前发表的关于枯草杆菌蛋白酶的实验测量结果，以及我们自己关于TEM1 β-内酰胺酶变体的测量结果。我们的工作统一了关于功能蛋白在序列空间中聚集的观察结果，并为解释蛋白质工程应用中蛋白质对替换的响应提供了基础。
引用
@article{arxiv.q-bio/0409013,
title = {Thermodynamic Prediction of Protein Neutrality},
author = {Jesse D. Bloom and Jonathan J. Silberg and Claus O. Wilke and D. Allan Drummond and Christoph Adami and Frances H. Arnold},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0409013},
year = {2009}
}