逆折叠模型的零样图蛋白稳定性预测：自由能解释
机器学习
2025-10-28 v2 人工智能
生物大分子
机器学习
摘要
逆折叠模型已被证明是蛋白质稳定性的高效零样图预测器。尽管如此，但逆折叠模型的氨基酸偏好与支撑热力学稳定性的自由能考虑之间的联系仍未充分理解。更好的理解不仅从理论角度有益，但也可能为更强的零样图稳定性预测提供基础。在本文中，我们迈出了一步，阐明逆折叠模型的自由能基础。我们的推导揭示了似然比作为一种简单近似的做法，并建议若干通向更好相对稳定性估计的路径。我们经验性地评估了这些方法，并证明通过相当简单的方式即可实现显著的零样图性能提升。
引用
@article{arxiv.2506.05596,
title = {Zero-shot protein stability prediction by inverse folding models: a free energy interpretation},
author = {Jes Frellsen and Maher M. Kassem and Tone Bengtsen and Lars Olsen and Kresten Lindorff-Larsen and Jesper Ferkinghoff-Borg and Wouter Boomsma},
journal= {arXiv preprint arXiv:2506.05596},
year = {2025}
}