包装位点在高效且特异的病毒组装中的作用
生物大分子
2015-02-19 v1 软凝聚态物质
摘要
在许多单链 RNA 病毒（包括许多人类病原体）的生命周期中，称为衣壳的蛋白质外壳会自发地在病毒基因组周围组装。理解衣壳蛋白如何在多种宿主 RNA 中选择性地围绕病毒 RNA 组装的机制是病毒学中的一个关键问题。在一种提出的机制中，基因组 RNA 内的序列元件（包装位点）通过与衣壳蛋白的特定相互作用促进快速而高效的组装。本工作中，我们开发了针对衣壳蛋白和 RNA 的粗粒化基于粒子的计算模型，该模型表示了由非特异性静电以及特异性包装位点相互作用产生的蛋白-RNA 相互作用。利用布朗动力学模拟，我们探究了组装的效率与特异性如何依赖于溶液条件（其控制蛋白-蛋白和非特异性蛋白-RNA 相互作用）以及包装位点的强度和数量。我们确定了参数空间中不同的区域，其中包装位点通过不同机制导致高度特异的组装，而其他区域中包装位点导致动力学陷阱。我们将这些计算预测与特异性的体外测定相关联，其中同源病毒 RNA 与异源 RNA 竞争由衣壳蛋白进行的组装。
引用
@article{arxiv.1502.05029,
title = {The role of packaging sites in efficient and specific virus assembly},
author = {J. D. Perlmutter and M. F. Hagan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1502.05029},
year = {2015}
}