鲁棒核关联检验
统计方法学
2019-01-29 v1
摘要
检验 SNP 效应与响应之间的关联是一项常见任务。此类检验通常通过基于最小二乘的核机方法来进行，例如序列核关联检验（SKAT）。然而，这些最小二乘过程假设响应服从正态分布，该假设常被违背。其他鲁棒过程如分位数回归核机（QRKM）限制了损失函数的选择且只允许对条件分位数进行推断。我们提出一种通用且鲁棒的核关联检验，具有灵活的损失函数选择、无分布假设，并将 SKAT 与 QRKM 作为特例。我们通过模拟研究在各种数据分布下评估所提出的鲁棒关联检验（RobKAT）。当误差服从正态分布时，RobKAT 控制第一类错误并与 SKAT 具有相当的功效。在所有其他所考察的分布设定中，我们的鲁棒检验具有与 SKAT 相似或更高的功效。最后，我们将鲁棒核关联检验应用于 CATIE 临床试验数据，以检测 6 号染色体上所选基因（包括主要组织相容性复合体（MHC）区域）与精神分裂症患者神经营养型疱疹病毒抗体水平之间的关联。RobKAT 检测到与四个 SNP 集合（HST1H2BJ、MHC、POM12L2 与 SLC17A1）的显著关联，其中三个未被 SKAT 检测到。
引用
@article{arxiv.1901.09419,
title = {The Robust Kernel Association Test},
author = {Kara Martinez and Arnab Maity and Robert Yolken and Patrick Sullivan and Jung-Ying Tzeng},
journal= {arXiv preprint arXiv:1901.09419},
year = {2019}
}