假设基因独立性的简单基因集富集分析的局限性
统计方法学
2012-10-12 v2 基因组学
应用统计
摘要
自 2003 年首次发表以来，基于 Kolmogorov-Smirnov 统计量的基因集富集分析（GSEA）方法已被广泛使用、修改，同时也受到质疑。最近，Irizarry 等人（2009 年）提出了一种简化的方法，使用单样本 t 检验评分来评估富集度，并忽略了基因间的相关性，将其作为强有力的竞争者。该论点批评 GSEA 的非参数性质及其使用经验零分布是多余且难以计算的。我们通过仔细考虑简化方法的假设及其结果，包括与 GSEA 在包含 50 个数据集的大型基准集上的比较，驳斥了这些主张。我们的结果提供了强有力的经验证据，表明由于基因间相关性对富集评分产生的显著方差膨胀，因此不能忽略基因间相关性，在估计基因集富集显著性时应予以考虑。此外，我们讨论了基因集复杂的关联结构和多模态性对基因集富集方法更广泛地构成的挑战。
引用
@article{arxiv.1110.4128,
title = {The Limitations of Simple Gene Set Enrichment Analysis Assuming Gene Independence},
author = {Pablo Tamayo and George Steinhardt and Arthur Liberzon and Jill P. Mesirov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1110.4128},
year = {2012}
}
备注
Submitted to Statistical Methods in Medical Research