重叠组逻辑回归及其在遗传通路选择中的应用
统计方法学
2017-01-23 v2
摘要
在基因组范围表达分析中，发现解释目标表型的重要基因一直具有挑战性。诸如融入通路信息的基因集富集分析（GSEA）等分析在假设检验中已广泛应用，但由于处理重叠通路存在困难以及由此导致的可用软件缺乏，基于通路的方法在回归方法中大体缺失。R包grpreg被广泛用于拟合组lasso及其他组惩罚回归模型；在本研究中，我们开发了一个扩展grpregOverlap，利用Jacob等人（2009）提出的潜变量方法允许重叠组结构。我们将该方法与寻常lasso及GSEA在模拟和真实数据上进行比较。我们发现融入先验通路信息显著提高了基因表达分类器的准确性，并阐明了诸如GSEA等假设检验方法与回归方法在通路数据分析上的若干差异。
引用
@article{arxiv.1510.05144,
title = {Overlapping group logistic regression with applications to genetic pathway selection},
author = {Yaohui Zeng and Patrick Breheny},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.05144},
year = {2017}
}