我们离用Lasso正确推断基因交互网络还有多远？

Francesco Gadaleta

我们离用Lasso正确推断基因交互网络还有多远？

计算工程、金融与科学 2015-05-26 v1 基因组学

作者: Francesco Gadaleta

摘要

检测基因、SNP、蛋白质、代谢物等遗传组分之间的相互作用有可能揭示复杂性状和常见遗传疾病背后的机制。多种方法已被考虑用于分析不同类型的遗传数据，回归是最广泛采用的方法之一。毫无疑问，基因表达谱代表了一种常见数据类型，从中已通过不同方法推断出基因调控网络。在这项工作中，我们回顾了应用于微阵列数据的九种惩罚回归方法，以推断相互作用网络的拓扑结构。我们根据生物数据的复杂性评估每种方法。我们分析了它们各自的局限性，以提出一些应加以考虑的注意事项，从而使它们的预测更具意义和可靠性。

关键词

基因交互网络 Lasso 惩罚回归微阵列数据基因调控网络拓扑推断生物数据

引用

@article{arxiv.1505.06282,
  title  = {Are we far from correctly inferring gene interaction networks with Lasso?},
  author = {Francesco Gadaleta},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1505.06282},
  year   = {2015}
}

备注

7 pages, 3 tables

我们离用Lasso正确推断基因交互网络还有多远？

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关键词

引用

备注

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