关于基因集合显著性的检验
统计理论
2009-09-29 v2 分子网络
应用统计
统计理论
摘要
本文讨论从微阵列实验中识别差异表达基因组的问题。这些基因组由外部定义,例如源自生物学数据库的基因通路集合。我们的出发点是 Subramanian 等人 [Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102 (2005) 15545--15550] 提出的引人关注的基因集合富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)方法。我们在一定程度上一般性地研究该问题,并提出对 GSEA 的两种潜在改进:用于概括基因集合的 maxmean 统计量,以及用于更精确推断的重新标准化。我们讨论了多种例子与扩展,包括利用基因集合打分进行分类预测。我们还描述了一个实现上述思想的新的 R 语言包 GSA。
引用
@article{arxiv.math/0610667,
title = {On testing the significance of sets of genes},
author = {Bradley Efron and Robert Tibshirani},
journal= {arXiv preprint arXiv:math/0610667},
year = {2009}
}
备注
Published at http://dx.doi.org/10.1214/07-AOAS101 in the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)