加权 Kolmogorov-Smirnov 检验：基因集富集分析的替代方案
概率论
2014-10-08 v1 统计方法学
摘要
基因集富集分析 (GSEA) 是基因组数据处理的基本工具。从统计学角度来看，其检验统计量的中心化方式不允许推导渐近结果。本文提出了一种具有不同中心化方式的检验统计量。在零假设下，利用经验过程理论证明了新检验统计量的分布收敛性。极限分布可通过 Monte-Carlo 模拟计算。以此方式定义的检验被称为加权 Kolmogorov-Smirnov (WKS) 检验。由于渐近分布的评估适用于许多不同的基因集，从而缩短了计算时间。利用来自 GEO 存储库的表达数据，针对 MSig Database C2 进行了经典 GSEA 检验与新程序的比较。我们的结论是，除了数学和算法优势外，WKS 检验在许多情况下可能比经典 GSEA 检验提供更多信息。
引用
@article{arxiv.1410.1620,
title = {Weighted Kolmogorov Smirnov testing: an alternative for Gene Set Enrichment Analysis},
author = {Konstantina Charmpi and Bernard Ycart},
journal= {arXiv preprint arXiv:1410.1620},
year = {2014}
}