生物化学通路的次网络层次结构
无序系统与神经网络
2007-05-23 v1 分子网络
摘要
我们提出了一种基于网络整体几何形状将生物化学网络分解为子网络的方法。该方法使我们能够分析生物化学网络的完整层次组织，并应用于来自 WIT 数据库的 43 种生物体。考虑了两种类型的生物化学网络：代谢网络和整胞质网络（包括信息过程等）。讨论了描述层次排序的概念方法和定量方法。我们研究得到的代谢网络一般呈现为：围绕最高度连接物质构成的少数核心簇，外层包围其他物质，以及少数其他明确定义的子网络。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0206292,
title = {Subnetwork hierarchies of biochemical pathways},
author = {Petter Holme and Mikael Huss and Hawoong Jeong},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0206292},
year = {2007}
}
备注
9 pages, color, submitted to Bioinformatics