用于转录突发模型的特殊函数方法
统计方法学
2020-09-09 v1 分子网络
定量方法
摘要
我们探讨了一种用于基因表达分析的马尔可夫模型，该模型涉及前体mRNA的突发性产生、其向成熟mRNA的转化以及随后的降解。我们证明，用于计算随机系统解的积分可通过特殊函数的求值来近似。此外，该特殊函数解的形式可推广到更广泛的突发分布类。鉴于从转录组学数据进行生物物理参数推断这一更宏大的目标，我们将该方法应用于模拟数据，展示了对精度和运行时间的有效控制。最后，我们提出了一种非贝叶斯方法，将参数推断的计算复杂度降低至状态空间规模和候选参数数量的线性阶。
引用
@article{arxiv.2003.12919,
title = {Special Function Methods for Bursty Models of Transcription},
author = {Gennady Gorin and Lior Pachter},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.12919},
year = {2020}
}
备注
Body: 15 pages, 2 figures, 2 tables. Supplement: 10 pages, 1 figure