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面向多叉树的声音类 Colless 平衡指数

种群与进化 2019-03-25 v1 离散数学 组合数学

摘要

Colless 指数是二叉系统发育树中最流行且最自然的平衡指数之一,但它对多叉树毫无意义。在本文中,我们提出一类类 Colless 平衡指数 CD,f\mathfrak{C}_{D,f},其依赖于相异度 DD 和函数 f:NR0f:\mathbb{N}\to \mathbb{R}_{\geq 0},将 Colless 指数推广到多叉系统发育树。我们给出两个函数 ff,使得依据相应指数 CD,f\mathfrak{C}_{D,f} 最平衡的系统发育树恰好是完全对称的。接着,对于这两个函数 ff 中的每一个以及三种流行的相异度 DD(方差、标准差和距中位数平均偏差),我们确定了 CD,f\mathfrak{C}_{D,f} 在具有给定叶子数 nn 的系统发育树集合上的取值范围。我们在文末通过在 TreeBASE 上评估这些指数之一的表现,并利用它表明该数据库中的树似乎既不遵循多叉树的均匀模型,也不遵循任意 α\alphaγ\gamma 取值下的 α\alpha-γ\gamma-模型。

关键词

引用

@article{arxiv.1805.01329,
  title  = {Sound Colless-like balance indices for multifurcating trees},
  author = {Arnau Mir and Francesc Rossello and Lucia Rotger},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1805.01329},
  year   = {2019}
}

备注

48 pages; 16 figures; it includes as appendices the two supplementary files mentioned in the main text