面向多叉树的声音类 Colless 平衡指数
种群与进化
2019-03-25 v1 离散数学
组合数学
摘要
Colless 指数是二叉系统发育树中最流行且最自然的平衡指数之一,但它对多叉树毫无意义。在本文中,我们提出一类类 Colless 平衡指数 ,其依赖于相异度 和函数 ,将 Colless 指数推广到多叉系统发育树。我们给出两个函数 ,使得依据相应指数 最平衡的系统发育树恰好是完全对称的。接着,对于这两个函数 中的每一个以及三种流行的相异度 (方差、标准差和距中位数平均偏差),我们确定了 在具有给定叶子数 的系统发育树集合上的取值范围。我们在文末通过在 TreeBASE 上评估这些指数之一的表现,并利用它表明该数据库中的树似乎既不遵循多叉树的均匀模型,也不遵循任意 和 取值下的 --模型。
引用
@article{arxiv.1805.01329,
title = {Sound Colless-like balance indices for multifurcating trees},
author = {Arnau Mir and Francesc Rossello and Lucia Rotger},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.01329},
year = {2019}
}
备注
48 pages; 16 figures; it includes as appendices the two supplementary files mentioned in the main text