单轴流动分子模拟的简单周期边界条件
计算物理
2021-10-19 v1 数值分析
数值分析
摘要
我们提出了旋转周期边界条件 (PBCs)，用于单轴拉伸流 (USF) 或双轴拉伸流 (BSF) 下的非平衡分子动力学 (NEMD) 模拟。此类非平衡流动需要专门的 PBCs，因为模拟盒子随背景流动而变形。该技术建立在先前使用一种或多种晶格重映射的模型之上，且比针对一般三维流动开发的 PBCs 更简单。对于一般三维流动，Dobson \cite{Dobson} 和 Hunt \cite{Hunt} 提出了非时间周期的方案，因为它们使用了多于一种自同构重映射。本文提出了一种用于 USF 和 BSF 的单自同构重映射 PBCs，其在旋转矩阵意义下是时间周期的，并具有更好的最小晶格间距特性。
引用
@article{arxiv.2110.08342,
title = {Simple Periodic Boundary Conditions for Molecular Simulation of Uniaxial Flow},
author = {Matthew Dobson and Abdel Kader Geraldo},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.08342},
year = {2021}
}