人类 X 染色体与 22 条常染色体上 RNA 结合密度的差异
基因组学
2007-05-23 v1
摘要
为检验 X 染色体是否具有独特的基因组特征，比较了 X 染色体与 22 条常染色体的 RNA 结合密度。将染色体上的核苷酸序列每 50kb 划分为一段，使用所有可能的 7 核苷酸（7nt）串（4^7=16384）将其重新编码为一组 7nt 串的频率值。选取 120 个在扁桃体生发中心 B 细胞中高表达的基因，计算所有内含子（RNAs）的 7nt 串频率值。DNA 片段与 RNA 的结合密度由互补序列的量决定。首次表明，基因贫乏且低基因表达的 X 染色体具有最高比例 RNA 高结合 DNA 片段的百分比最低，而基因丰富且高基因表达的 19 号染色体具有最高比例的此类片段。基于这些结果，提出染色体上 RNA 高结合 DNA 片段分布的非随机特性提供了有力证据：缺乏 RNA 高结合片段可能是 X 染色体失活的一个原因。
引用
@article{arxiv.q-bio/0312039,
title = {RNA Binding Density on X-chromosome Differing from that on 22 Autosomes in Human},
author = {Zhanjun Lu and Ying Lu and Shuxia Song and Zhai Yu and Xiufang Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0312039},
year = {2007}
}