基于分形维数与香农熵的人类 Y 染色体基因分类
基因组学
2014-04-10 v1
摘要
利用分形维数和香农熵研究了人类 Y 染色体上的所有基因。识别出了清晰的离群簇。其中包括 6 个此后被撤销为编码序列（CDS）的序列，以及 1 个不在当前组装中的额外序列。开发了一种基于分形维数和香农熵偏离平均值的程度对序列进行排序的方法。得分位于前 10% 最大偏离度的序列组异常可能来自着丝粒或假常染色体区域，而来自 X 染色体易位区域的可能性较低。长非编码 RNA（lncRNA）序列在离群值中也富集。此外，先前为进化研究鉴定的表达基因数量往往与平均值没有较大偏离。
引用
@article{arxiv.1404.2540,
title = {Human Y-chromosome gene classification using Fractal Dimension & Shannon Entropy},
author = {Todd Holden and JianMin Ye},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.2540},
year = {2014}
}