揭示相互作用组中缺失的部分

Ryan W. Solava; Tijana Milenković

揭示相互作用组中缺失的部分

分子网络 2013-07-15 v1

作者: Ryan W. Solava , Tijana Milenković

摘要

蛋白质相互作用网络 (PINs) 常被用于从其拓扑结构中“学习”新的生物功能。由于当前的 PINs 存在噪声，通过链接预测 (LP) 对其进行计算去噪可以提高学习准确性。LP 利用现有的 PIN 拓扑结构来预测缺失的和虚假的链接。许多现有的 LP 方法依赖于待链接节点的共享直接邻域，因此存在局限性。为了全面研究 PINs 中决定节点是否应被链接的节点拓扑属性，我们必须引入新的敏感 LP 度量以克服现有方法的局限性。我们通过向 PINs 引入“合成”噪声并测量不同度量重建原始 PINs 的效果，系统地评估了新的和现有的 LP 度量。我们的主要发现是：1) 倾向于那些既“拓扑相似”又拥有大型共享扩展邻域的节点的 LP 度量更为优越；2) 使用更多的网络拓扑结构通常（尽管并非总是）能提高 LP 准确性；3) 我们新的 LP 度量优于现有度量。在评估不同方法后，我们利用它们对 PINs 进行去噪。重要的是，我们就预测相互作用在基因本体 (Gene Ontology) 术语中的“富集”而言，成功提高了 PINs 的生物学正确性。此外，我们在独立的外部 PIN 数据源中验证了统计上显著的一部分预测相互作用。软件可执行文件可应要求免费提供。

关键词

蛋白质相互作用网络链接预测网络去噪拓扑属性基因本体合成噪声相互作用富集

引用

@article{arxiv.1307.3329,
  title  = {Revealing missing parts of the interactome},
  author = {Ryan W. Solava and Tijana Milenković},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1307.3329},
  year   = {2013}
}

备注

16 pages, 3 figures

揭示相互作用组中缺失的部分

摘要

关键词

引用

备注

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