酵母蛋白质相互作用网络中必需蛋白的虚拟识别

大规模蛋白质-蛋白质相互作用网络（PINs）的拓扑分析对于理解单个蛋白质的组织与功能原理十分重要。已观察到蛋白质在 PIN 中的相互作用数量与其不可或缺性相关。必需蛋白通常比非必需蛋白具有更多相互作用。我们在此表明，从酵母蛋白质组中移除某蛋白质所带来的致死性与 PIN 中节点的不同中心性度量相关，例如该蛋白质与许多其他蛋白质的接近程度、或需要特定蛋白质作为其中介进行通讯的蛋白质对数量、或该蛋白质在 PIN 中不同蛋白质簇中的参与程度。这些度量在识别 PIN 中的必需蛋白方面显著优于随机选取。基于网络图谱性质的中心性度量，特别是子图中心性（subgraph centrality），在识别酵母 PIN 中的必需蛋白方面表现出最佳性能。子图中心性给出关于单个蛋白质角色的重要结构信息，并可通过识别 PIN 中的必需蛋白来筛选理性药物发现的潜在靶点。